1 мая Хумабона захватил в плен и умертвил 20 моряков флотилии.
Вскоре после отплытия из Себу на стоянке у острова Бохоль решено было продолжать путешествие только на двух кораблях — «Тринидаде» и «Виктории».
От острова Бохоль «Тринидад» (под командой Карвалью) и «Виктория» (под командой Гонсало Эспиносы) отправились на поиски Молуккского архипелага. К этому времени из 265 человек, которые вышли в путь 20 месяцев назад из Сан-лукар-де-Баррамеда, уцелело только 113.
В конце июня корабли дошли до северо-восточной оконечности острова Борнео. Около месяца моряки пробыли в столице княжества Бруней, богатом восточном городе. Здесь испанцы вступили в преддверие Восточных Индий, в край с высокой и древней культурой.
Вскоре судовые команды вынесли решение сместить Карвалью. На его место избран был Гонсало Эспиноса, мужественный и честный человек, в свое время оказавший Магеллану неоценимые услуги при подавлении мятежа в бухте Сан-Хулиан. Капитаном «Виктории» стал баск Себастьян Эль-Кано, молодой моряк, один из активнейших участников мятежа.
Направившись к югу, флотилия 8 ноября достигла острова Тидоре в Молуккском архипелаге.
Желанная цель — Острова Пряностей — была достигнута!
Забыв об испытанных лишениях, не думая о трудностях обратного пути в Испанию, моряки принялись скупать пряности — гвоздику, мускатный орех, корицу, имбирь.
Корабли закончили погрузку пряностей и собирались выйти в море, но тут выяснилось, что корпус «Тринидада» дает сильную течь. Решено было, что «Виктория» отправится в Испанию одна через Индийский и Атлантический океаны, а «Тринидад» после ремонта выйдет в обратный путь, следуя не в Испанию, а к берегам Панамы через Тихий океан.
«Тринидад» 6 апреля 1522 г. покинул Тидоре, но после шестимесячных скитаний в водах Тихого океана вынужден был возвратиться к Молуккским островам. В этом плавании погибла
большая часть экипажа, а два десятка измученных испанских моряков на Молуккских островах были захвачены в плен португальской эскадрой. Страшная участь выпала на долю этих пленников — один за другим умирали они в португальских тюрьмах или на плантациях. Тех, кто вынес тяготы первого года пленения, отправили в Индию, где Эспиноса и его спутники влачили жалкое
существование, зарабатывая себе на жизнь подаянием и все время пребывая под неусыпным надзором португальских властей. Только в 1527 г. Эспиноса попадает в Испанию с двумя моряками и священником — «последними могиканами» из экипажа «Тринидада», которым удалось выдержать муки долголетнего плена.
Иная судьба ждала «Викторию», которая 21 декабря 1521 г. отправилась в путь и 26 января 1522 г. прибыла на Тимор, где было закуплено небольшое количество сандалового дерева. Пополнив запасы воды и провианта, «Виктория» покинула Тимор, пересекла Индийский океан, выдержала жестокую бурю у мыса Доброй Надежды и 13 июля, совершив тяжелый переход через два океана, подошла к острову Сантьягу в архипелаге островов Зеленого Мыса.
Настоятельная необходимость заставила Эль-Кано остановиться на Сантьягу в португальских владениях. Едва избежав пленения, оставив в руках у португальцев 12 человек из судовой команды, Эль-Кано 15 июля отправился дальше. 6 сентября 1522 г. «Виктория» вошла в гавань Санлукар-де-Баррамеда. 18 моряков, истощенных от голода и болезней, опаленных тропическим солнцем, в ветхой, изодранной одежде, сошли на испанский берег.
Первое кругосветное плавание было завершено.
Сообщение об открытии пролива, ведущего в Южное море, и вести о том, что испанские корабли дошли до Островов Пряностей, не возбудили интереса ни у советников короля, ни у всевозможных искателей наживы. Таким образом, непосредственные результаты первого кругосветного путешествия были ничтожны, и предприятие Магеллана не получило достойной оценки в той стране, где оно было организовано.
Значение его было, однако, огромно. В результате кругосветного плавания Магеллана — Эль-Кано окончательно было доказано, что можно морем обойти вокруг земной шар, развеяны были мифы античной и средневековой географии, стало ясно, что океаны и моря занимают большую часть поверхности нашей планеты (а ведь еще за двадцать лет до плавания Магеллана Колумб пытался уверить своих современников, что библейские легенды, в которых вещается, что 6/7 поверхности земли заняты сушей, неопровержимы и подтверждаются результатами его собственных открытий), открыт был проход из Атлантики в Тихий океан, найден южный предел гигантского материка Южная Америка. Подобно экспедициям Колумба и Васко да Гамы плавание Магеллана было одним из самых значительных предприятий начального этапа великих открытий. Однако еще в течение более чем двух столетий зыбкими и неясными оставались контуры новооткрытых материков, в XVII в. на картах мира оставались огромные белые пятна как в Северном, так и
в Южном полушарии.